发酵罐的控制系统应该具备以下程序功能：
1.CIP功能。操作员只需选择清洗配方和待清洗目标，DCS系统会将CIP清洗信号发送给CIP 站，CIP 站启动， 同时DCS系统打开清洗目标的阀门开始冲洗。在整个过程中DCS系统始终监测CIP 站的运行状态、报警信息、停机信号等，并做出相应的判断和处理。
2.SIP灭菌(空消)。系统可以根据操作员指令实现一键式灭菌操作，也可以对某一个工序单独灭菌。灭菌过程中，DCS系统根据各个冷点位置安装的温度sensor输出的信号，自动计时，并在灭菌过程中实时记录温度参数形成温度曲线，达到设定时间或F0值后关闭纯蒸汽阀门，通入洁净干燥压缩空气，快速降温的同时也保证了灭菌后系统内的干燥。
3.自动补料。生产前设置好工艺配方，在生产过程中程序会根据生产配方自动选择物料转移路径，并且根据配方要求和在线仪表的反馈信号自动补料，当达到设定之后程序自动停止。
4.SIP灭菌(实消)。操作员设定好所有参数后，只需点击启动按钮，程序会自动进行灭菌的升温(为避免升温过程中产生剧烈的震动，我们采用分段升温的办法，将温度逐步升到所需的温度)、保温(保证温度最低点的温度在118度以上并保持30分钟)、降温等过程。灭菌程序结束后发酵罐会自动进入发酵准备状态，确保罐子的无菌性，等待接种。
5.发酵培养。主要有温度控制、压力控制、溶氧控制、pH控制。培养是发酵生产中最关键的控制阶段，控制的好坏直接决定产品的质量和产量，影响用户的生产计划和生产效益。温度控制：我们拥有多种温度的控制方案，（1）模糊控制方案(将人控制温度的经验转换成计算机的控制语言来实现对温度的控制);（2）分段控制温度(根据温度偏差范围的不同，采用不同的控制手段);（3）串级控制温度(同时对罐内温度和夹套温度进行控制)。上述的温度控制方案我们都能够将温度误差控制在±0.2℃之内。
6.移种。操作员选好移种罐和受种罐并设定好各种参数，点击启动按钮，程序会自动选择路径进行清洗和灭菌，并自动进行移种，全自动化的操作避免了人的失误(灭菌路径选择错误、灭菌参数错误等)，确保了移种过程的无菌化和准确性，大大提高了生产的效率。
7.应急系统。主要有停压缩空气应急系统和停仪表空气应急系统。由于每个车间都有几十个发酵罐，当出现紧急情况时(如空气系统故障，空气压力消失)，操作员需得到紧急信息、制定解决方案、采取解决措施，当操作员完成所有的动作时罐内的压力已经泄空，菌种可能已经染菌而作废，造成比较大的损失。而应急系统就是将操作员发现故障、解决故障的方案利用DCS来实现，DCS系统在检测到故障信号后会立即执行应急操作，大大缩短反应时间，确保每一个生产环节在非常短的时间内都能进入安全状态，当故障解决后，应急系统会自动恢复正常生产。
